1896년 충청남도가 설치되면서 1932년까지 공주에 있었던 충청남도청을 1932년 10월 충청남도 대전군 대전읍(現 대전광역시 중구 선화동)으로 이전했다. 그러나 1989년 1월 충청남도 대전시가 대전직할시로 승격하면서 충청남도청은 타 시도에 위치한 기관이 되어버렸고 이 문제를 궁극적으로 해결하기 위하여 오랜 논의 끝에 2006년 도청 이전지를 홍성과 예산 일대로 확정하였고, 2013년 충청남도청을 충청남도 홍성군 홍북면 신경리 내포신도시로 이전하였다.

21세기에 만든 다른 도청신도시들과 마찬가지로 배후 신도시는 예산과 홍성지역의 경계에 조성되었으나 도청 소재지는 홍성군이다. 다만 다른 지역들은 어느 한쪽이 도청과 도의회를 모두 가져간 반면 내포신도시만 유일하게 나눠 가진 경우로 도의회는 예산군에 있다.

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