1981년 5월 13일 요한 바오로 2세는 터키인 청년 메흐메트 알리 아자의 흉탄에 맞아 심각한 상처를 입었다. 이 때 교황은 성 베드로 광장에서 일반 알현을 하던 중이었다. 서둘러 그는 경찰의 호위를 받으며 게멜리 병원으로 옮겨졌다. 다행히 총알이 교황의 심장을 1mm 차이로 비켜간 덕분에 대동맥과 척추를 다치지 않은 교황은 6시간의 대수술 끝에 목숨을 부지할 수 있었다. 경찰이 도착할 때까지 관중에게 붙잡혀 있던 아자는 법원에서 종신형을 선고받았다. 중태에 빠졌던 교황은 4일 만에 의식을 회복하였다.

그 후 1983년 12월 27일, 요한 바오로 2세는 자신의 암살미수범이 있는 로마 레비비아 교도소를 찾아가 20분 동안 둘이서 비밀 대화를 가졌다. 교도소에서 나온 교황은 “그와 나 사이에 나누었던 이야기는 둘만의 비밀로 남을 것이다. 내게 총을 쏜 형제를 위해 기도하자. 나는 이미 진정으로 그를 용서하였다.”고 말하며 그에 대한 사면을 요청하였다. 당시 교황은 파티마의 성모가 자신을 구해주었다고 믿고 자신의 복부를 관통한 총알을 파티마의 성모상에 봉헌하며 감사의 기도를 올렸다.

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