트립신은 음식물 속의 단백질을 폴리펩타이드와 소수의 아미노산으로 분해하는 역할을 한다. 단백질은 위 소화 효소인 펩신에 의해 일차적으로 분해되며, 소장을 통과할 때 이자에서 분비된 다른 단백질 분해 효소의 작용을 받아 더 많이 분해된다. 이들 효소는 이자에서 만들어져 효소 활성이 없는 전구체의 형태로 소장에 분비된다. 이자에서 분비된 이러한 효소원들은 소장에서 단백질 분해 효소로서의 기능을 갖춘 효소로 활성화된다. 트립시노겐은 소장의 벽에서 분비되는 엔테로키나아제의 작용으로 트립신이 된다. 트립신은 키모트립신·엘라스타아제·카르복시펩티다아제 등의 전구체를 활성화시킨다. 한편 이자는 트립신 활성을 저해하는 단백질을 갖고 있는데 이것은 이자 자체가 트립신에 의해 자가 분해되는 것을 막기 위해서이다.

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