고등어의 새끼는 고도리라고 하는데, 사실 옛말로는 고도리가 바로 고등어를 가리키는 순우리말이었다. 이것을 기록할 때, 高道魚, 高刀魚, 古刀魚등으로 빌려 적었는데, 이두와 달리 한자를 음독만 하게 되면서 발음이 약간 변화하여 현재의 고등어가 되었다. 한자로는 高等魚로 쓸 것 같지만, 이런 어원 및 변천과정 때문에 고등이란 음절에 별도의 한자표기는 없다.

어원은 '高等魚'가 아니다. 정약전의 자산어보에는 '고등어(皐登魚)'라고 나오며, '고도어(古道魚/古刀魚)'라고도 쓰인 다른 문헌과 순우리말이 '고도리'라는 점을 통해 원래 '고도ᅌᅥ'였다가 변했을 가능성이 있다. 한국어 고유어 명사 중 끝소리가 '-이'인 것의 상당수는 접사 '-이'를 달고 있는 것인데, '고도리'가 같은 구성이라면 어근을 '*고돌'로 상정할 수 있다. 여기에 한국어의 특징 중 하나인, 말음 'ㄹ'이 자음을 만날 때 자주 탈락하는 점을 적용하면 한자어 '-ᅌᅥ(魚)'가 결합하는 과정에서 어근 '*고돌'의 끝소리 'ㄹ'이 탈락해 오늘날의 꼴로 이른 것으로 추측할 수 있다.

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