우선 도루묵이 언급되는 가장 오래된 기록은 채무이(蔡無易, 1537~1594)의 둘째 부인 순천 김씨의 묘에서 출토된 편지에 나오는 '돌목'이다. 이후 발음이 변하여 조재삼의 《송낭잡지》(19세기 후반)에 '도로목(都路木)'이라는 차자 표기가 확인된다.

그 이름의 유래에 대해서는 다음과 같은 민담이 유명하다. 이 민담은 허균이 쓴 도문대작(屠門大嚼)에도 그대로 나와 있다.

피난길에 오른 어느 왕이 묵어(혹은 목어)를 먹었는데, 이렇게 맛있는 생선이 이름이 너무 형편없는 것을 불쌍하게 여겨서 앞으로 '은어'로 부르도록 하였다. 그런데 후일 환궁한 뒤 이 생선 맛이 떠올라 다시 먹어봤는데, 예전만큼 맛있지가 않아서 '도로 묵어'('도로목')라고 하라 명령했고, 이것이 도루묵의 유래다.

원효대사 해골물과 비슷한 케이스. 이 민담이 워낙 유명하다보니 '말짱 도루묵'이라는 표현도 있다. 말 그대로 애쓰던 일이 헛일이 되었을 때 쓰는 말. 다만 어디까지나 야사며, 또한 어느 왕의 이야기인지도 불확실해서 여러 가지 설들이 존재한다.

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