토마토 유입 초기에 유럽의 식물학자들은 토마토에 독이 들어 있다고 해서 먹기를 꺼려했다. 그런데 이들의 주장이 전혀 근거 없는 말은 아니다. 실제로 아직 익지 않은 푸른 토마토에는 알칼로이드의 일종인 토마틴(tomatine)이 들어 있기 때문이다. 토마틴은 엘디 50(LD 50 : 한 무리의 실험동물 50%를 사망시키는 독성물질의 양. 동물 체중 1kg에 대한 독물량(mg)으로 나타냄)이 900~1000mg/kg 정도인 약한 독성을 나타내는 알칼로이드다. 독성이 매우 약하기 때문에 일반적으로 먹는 양으로는 문제가 되는 경우는 거의 없다.

토마틴은 항곰팡이성이 있어서 화농균이나 잔균 등에 대해 항균작용을 하기 때문에 여드름 피부에 효과가 있다고 알려져 있다. 토마틴은 토마토가 빨갛게 익으면서 없어지기 때문에 빨간 토마토에는 토마틴이 거의 없다. 익지 않은 토마토를 먹고 독성반응을 일으킨 예는 없지만 덜 익은 것보다는 잘 익은 토마토를 먹는 것이 좋다.

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