케빈 이스트먼과 피터 레어드가 심심풀이로, 당시 인기있었던 코믹스 뉴 뮤턴트, Cerebus, 프랭크 밀러의 로닌, 그리고 마블 코믹스의 데어데블을 과장스런 카툰 캐릭터 식으로 패러디에서 시작되어 거북이들을 모티브로 당시 세계를 휩쓸던 닌자 요소를 조합해 탄생한게 시발점이다.얘네들이 제일 좋아하는 음식은 피자다. 나름 사연이 있는데 케빈과 피터는 당시 닌자 거북이를 제작하면서 제대로 식사를 못하는 일들이 워낙 많아서 피자로 간단하게 식사를 때우는 일이 많았는데, 그때의 추억을 생각해서 피자를 좋아하는 컨셉으로 만들었다고 한다. 뉴욕 시를 무대로 지하 하수도에 떨어진 애완용 거북이 네 마리가 어디선가 흘러들어온 방사능 물질로 갑자기 돌연변이를 일으켜 사람만해지고 지능도 높아지게 되었고, 역시나 방사능 물질에 의해 하마토 요시라는 닌자의 애완용 쥐인 스플린터도 거대한 쥐로 변화한다. 스플린터가 이 거북이 네 마리에게 르네상스 시대의 예술가들의 이름을 따 각각 레오나르도, 도나텔로, 미켈란젤로, 라파엘이란 이름을 붙여 무술을 가르치게 되고 세상 밖으로 나가서 악과 싸우게 된다.

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