공룡의 분류학적 위치는 명확하지는 않으나 지금까지의 연구 결과를 살펴보면 파충강(Reptilia)에 속하는 동물 중에 조류(새)도 포함되어 있다. 또한 거북이류(Testudines)와 다른 파충류의 촌수가 조류와의 거리보다도 훨씬 멀다. 공룡을 더 세분하여 나누면 용반목(Saurischia)과 조반목(Ornischia)으로 나눌 수 있으며 이러한 기준은 골반(엉덩이뼈)의 모양이 오늘날의 새의 모양인지 또는 도마뱀의 모양인지에 따라서 나눈 것이다. 오늘날 우리가 흔히 볼 수 있는 새들은 모두 조반목이 아니라 용반목에서 진화하였으며 최근에 그 증거가 조금씩 늘어나고 있다.

공룡은 6500만년전에 홀연히 지구 전체에서 자취를 감추었다. 이는 중생대에서 신생대로 넘어가는 경계에 해당하며(이 멸종현상을 기준으로 신생대와 중생대를 나눔) 사실 이 시기에 일어난 대량 멸종현상은 해양에서 활동하는 생물종의 60에서 75%를 지워버릴 정도로 전 지구적으로 거대한 변화를 가져왔다. 이러한 멸종현상에 대해서 그동안 여러 설명들이 있었으나 오늘날 가장 널리 인정되고 있는 것은 소행성의 충돌로 인해 전지구적으로 엄청난 먼지를 일으키고 이로 인해 지구의 기온이 급격히 내려감으로서 추워진 기온을 적응하지 못하고 얼어죽거나 굶어죽었다는 시나리오이다.

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