나초는 텍사스주 이글패스와 경계를 두고 있는 멕시코 코아우일라주의 피에드라스네그라스에서 로돌프 드 로스 산토스가 운영하는 식당인 빅토리 클럽에서 발원하였다. 1942년의 어느 날, 이글패스 가까이에 있는 던컨 요새에 주둔하던 미국 군인들의 부인 10여명이 피에드라스네그라스로 쇼핑을 하러 왔고, 식당이 그날 영업을 끝낸 후에 찾아오게 되었다. 식당 종업원이었던 이그나시오 "나초" 아나야는 그들을 위해 부엌에 남아있던 재료인 토르티야와 치즈를 사용하여 새로운 요리를 만들어내었다. 아나야는 토르티야를 세모꼴로 자른 후, 롱혼 체더 치즈를 넣고 빠르게 가열한 다음, 얇게 썬 할라피뇨 고추를 곁들였다. 그는 이 요리를 "특별한 나초"(special nachos)라고 부르며 대접하였다.

아나야는 같은 지역의 모데르노 레스토랑으로 일자리를 옮겼는데, 이 식당에서는 오늘날에도 여전히 그의 조리법을 사용한다. 또한 그는 피에드라스네그라스에서 자신의 식당인 "나초의 레스토랑"을 개업하였다. 아나야의 나초 조리법은 1954년 출간된 St. Anne's Cookbook에도 수록되어 있다.

이 스낵의 인기는 텍사스 전역으로 빠르게 퍼져나갔다. 영어 단어 "나초" (nachos)는 1949년 출간된 A Taste of Texas에서 처음 언급된 것으로 알려져 있다. 웨이트리스 카르멘 로샤는 1959년 로스앤젤레스의 엘 촐로 멕시칸 식당에서 나초를 전파하였다.

연질 치즈와 미리 만들어진 토르티야 칩을 사용하는 변형된 조리법은 1977년 텍사스 주 알링턴의 알링턴 스타디움에서 프랭크 리베르트라는 사람이 처음으로 팔기 시작하였다. 먼데이 나이트 베이스볼 경기동안 스포츠 중계자 하워드 코셀은 "나초"라는 이름을 즐겨 사용하였고, 그 다음 주에는 이 음식의 의미를 가르쳐주었는데, 모든 관중들에게 나초가 알려져 더욱 대중화될 수 있는 계기가 되었다.

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