야생의 고슴도치는 온갖 벌레를 잡아먹어서 생태계에 아주 중요한 위치를 차지한다. 그리고 또 파충류나 양서류도 먹으며, 이들의 알이나 과일 등도 먹는다. 특히 뱀. 뱀의 천적에는 고슴도치가 있으며, 먹이를 조여서 잡아먹는 뱀의 특성상 고슴도치를 공격하는 게 불가능하며 설사 죽였다 해도 삼킬 수가 없다. 이런 일은 확률상 0에 수렴하며 독사를 포함한 대부분의 뱀은 고슴도치에게 잡아먹힌다. 저 몸 때문에 천적이 없을 거라는 생각도 많이 하지만, 야생 맹수들은 육구(발)를 이용해 고슴도치의 배를 드러내 포식하는 법을 익혔다. 다만 이건 고슴도치를 상대해 본 적 있는 동물들에게만 한정된 능력이다. 대부분 고슴도치를 습격해 본 적이 없는 동물들은 고슴도치를 보고 피한다. 특히 가시털이 엄청나게 긴 고슴도치와 가까운 종의 호저는 더더욱 그렇다. 고슴도치가 포식당할 경우 대부분은 머리가 좋은 맹금류가 잡아먹는다고 한다. 고슴도치는 천적이 적어 잡아먹히는 경우가 크게 많지는 않지만 익사 비율이 상당히 높다. 수영능력은 있으나, 다리가 짧아서 영 효율이 좋지 못하기 때문이라고 한다.

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