고래와 하마는 바닷속에서의 몇몇 공통적인 능력에도 불구하고 해부학적인 면에서 전자는 고래류(cetaceans), 후자는 유제류(artiodactyles)로 분류된다. 그러나 프랑스 연구원들을 중심으로 행해진 한 연구가 하마의 계통수(系統樹)를 밝히면서, 하마와 고래가 공동 조상을 가진 근친 관계임이 확인되었다. 지금으로부터 5-6천만 년 전에 물 가까이에서 살았을 고래와 하마의 공동 조상이 두 그룹의 자손을 번성시키게 되었는데, 하나는 얼마 안 되어 육지를 버리고 완전히 수생 동물이 된 고래류이고, 또 다른 그룹은 유제류(소, 돼지, 기린과 같이 갈라진 쌍 발굽 소유)에 속하는 거대한 네발 짐승, anthracothere였다. 돼지의 모습을 닮은 이들 동물은 4천 만년 동안 거의 전 지구상에 걸쳐서 서식하였었지만, 이후 소멸하기 시작하였고, 아프리카에 유일한 자손으로 하마만을 남기게 되었다는 것이다.

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