말뚝망둥어는 연안이나 강 하구 기수역(바닷물과 민물이 섞여 염분이 적은 물이 있는 지역)의 개펄 바닥에 산다. 간조(썰물로 바다의 높이가 가장 낮아진 상태) 시에는 가슴지느러미를 이용하여 개펄 바닥을 뛰어다니며 작은 갑각류나 곤충을 잡아먹는다. 그래서 영어로 머드스키퍼(Mudskipper)라는 이름이 붙여졌다. 알을 낳는 시기는 6월 상순~7월 하순이다.

머리가 크고, 몸의 뒤쪽으로 갈수록 옆으로 납작하다. 눈은 머리의 등 쪽에 볼록하게 솟아 있으며, 두 눈 사이의 간격은 매우 좁다. 위턱은 아래턱보다 길고, 1쌍의 육질돌기가 있다. 가슴지느러미가 붙어 있는 부분은 육질이 발달되어 있다. 꼬리지느러미의 배 쪽이 약간 짧아서 위아래가 비대칭이다. 몸은 흑갈색이고, 지느러미는 몸보다 약간 연한 색을 띤다. 제1 등지느러미의 가장자리와 제2 등지느러미의 중간에 검은색 줄무늬가 있다.

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